POY

Popis

POY je fylogenetický analytický program, který podporuje různé druhy dat (např. morfologii, nukleotidy, geny a genové oblasti, chromozomy a celé genomy). POY je zvláštní v tom, že může provádět skutečné zarovnání a odvození fylogeneze, tj. vstupní sekvence nemusí být předem zarovnány. Vložení, odstranění a přeuspořádání pak mohou být zahrnuty do celkového skóre stromu pod položkou Maximum Parsimony nebo do modelu pod položkou Maximum Likelihood. Pro tento účel byly vyvinuty různé heuristické algoritmy, které jsou implementovány v POY.