RAPTOR

Popis

RAPTOR je inovativní software navržený pro přesnou předpověď struktury proteinů. Kombinuje pokročilé analytické nástroje v jednom integrovaném softwarovém řešení a poskytuje tři různé metody vytváření vláken. Unikátní přístup k optimalizaci celočíselného programování RAPTOR je nejúčinnější pro hledání strukturních šablon cílů s nízkou sekvenční homologií a je schopen generovat vysoce kvalitní modely. Snadno použitelné rozhraní a snadno srozumitelné hodnoty E jsou ideální pro začátečníky a odborníky. Intuitivní zobrazení výstupu umožňuje uživatelům pochopit výsledky jednoduše na první pohled. Vzhledem k sekvenci cílového proteinu, pokud existuje homologní protein se známou 3D strukturou, lze jej najít pomocí nástrojů pro vyhledávání sekvencí, jako je PSI-BLAST, poskytovaných také v RAPTOR. Struktura cíle je poté sestavena ze známé struktury; když však homologie sekvence není významná, tj. menší než 25%, nemůže PSI-BLAST přijít s jistým zásahem. Na rozdíl od PSI-BLAST, který jednoduše vyhledává sekvence, proteinové vlákno, rozpoznávání záhybů využívá jak homologii, tak informace o struktuře. Skenuje proteinovou sekvenci s neznámou strukturou proti databázi známých struktur. Použitím skórovací funkce a provedením analýzy kompatibility mezi trojrozměrnými strukturami a lineárními proteinovými sekvencemi bude identifikován nejlepší strukturní templát, ze kterého bude vytvořena struktura sekvence. Výsledkem je, že proteinové vlákno poskytuje lepší předpověď než modelování homologie, pokud existuje homologie marginální sekvence.