ZOOM Lite

Popis

ZOOM Lite je software pro mapování a vizualizaci sekvenování dat nové generace. Uživatelé zadávají referenční genomy a soubory Illumina/Solexa krátké čte soubory nebo barevný prostor AB SOLiD čte soubory v různých formátech, například * .fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta atd. ZOOM vydá výsledky mapování těchto krátkých čte referenční sekvenci. ZOOM Lite má rychlé a přesné mapovací jádro založené na nově navržené teorii vícenásobně rozmístěných semen. Lze zpracovat čtení na jednom konci i na párovaném konci různých délek od 15 bp do 240 bp. Je povolen libovolný počet nesouladů a jedno vložení/odstranění různých délek mezi čtením a jeho cílovou oblastí na referenční sekvenci. Jedinečně mapované výsledky nebo nejlepší (nejlepší N) výsledky pro každé čtení budou hlášeny podle minimálních nesouladů a délky indelu. Skóre kvality se používají ke zvýšení přesnosti mapování. Na základě mapovacího jádra umožňuje ZOOM Lite uživatelům načítat lokální data pro čtení a data referenční sekvence, vybírat správné parametry, paralelně zpracovávat velkoobjemová data až se čtyřmi CPU, sledovat běžící úlohy, ukládat výsledky mapování, prohlížet grafy výsledky mapování a výsledky mapování výstupu ve formátech souborů * .BED nebo * .GFF pro další průzkum pomocí informací o stopách prohlížeče UCSC. Výsledky mapování lze prohlížet v libovolném požadovaném měřítku, od grafu hloubky čtení přes celý chromozom až po podrobné zarovnání sekvence mezi čtením a referenční sekvencí. Uživatelé snadno navigují do oblastí zájmu jednoduše kliknutím a přetažením nebo posouváním. ZOOM Lite je derivát softwaru ZOOM Studio.